Tra il XIII ed il XIV secolo fu compiuta la fortificazione del castello, il vero e proprio centro storico del paese, caratteristico per i suoi antichi portici o mercati coperti e per la sua forma di vascello, con la punta rivolta verso valle.

Il tardo Medioevo fu il periodo in cui Saltara conobbe un grande splendore e si fortificò per difendersi dalle incursioni degli abitanti di Cagli e Fossombrone.
Strinse alleanza con la vicina Fano ed insieme a Fano passò successivamente sotto il dominio dei Malatesta di Rimini. Saltara ne adottò lo stemma (Dragone alato che costituiva parte dell'emblema militare della famiglia riminese). Finì poi sotto il dominio dello Stato Pontificio. Forse per questo molte furono le chiese, ora in gran parte chiuse.

In questo paese, come risulta da alcuni documenti, esistevano quattro Confraternite (associazione locali di laici cattolici riconosciute dai Vescovi, ma fondate e gestite in modo autonomo dai loro membri). Queste associazioni avevano sede in una chiesa del paese ed oltre ad occuparsi del buon funzionamento delle cerimonie religiose, si prefiggevano anche uno scopo umanitario (opere nel sociale).